Di-T-CAP

Un nouveau dispositif

A l’automne 2021, l’association annonçait la mise en place d’un nouveau Dispositif de financement de la recherche, en Complément de l’Appel à Projets (AP) scientifiques, avec l’objectif ambitieux d’impulser de nouvelles actions de recherche pour fournir des solutions innovantes aux patients ne pouvant pas bénéficier actuellement des modulateurs de CFTR. La spécificité de ce dispositif, baptisé Di-T-CAP, réside dans le fait que les chercheurs ne proposent pas leur projet dans le cadre d’un appel à projets, mais répondent à une commande spécifique de l’association, qui les accompagne tout au long de son déroulement. Pour cela, l’association s’est engagée à mobiliser jusqu’à 1 million d’euros par an pendant 3 ans.

Mise en place de 2 consortia

C’est ainsi que Fabrice Lejeune et Antoine Roux, chercheurs identifiés par le Comité Stratégique de la Recherche, à la suite des propositions issues des discussions du Conseil Scientifique, ont reçu en juillet 2022 une lettre de mission pour piloter la structuration d’un consortium d’équipes capables d'élaborer un projet de recherche ambitieux et innovant sur 2 thèmes prioritaires afin de répondre aux besoins de deux populations de patients :

• les patients porteurs de profils génétiques rares, pour lesquels les modulateurs de CFTR sont inefficaces,
• les patients transplantés pulmonaires, qui ne peuvent bénéficier des modulateurs de CFTR, en raison des interactions médicamenteuses.

Chaque consortium est accompagné par un Comité de Pilotage dans les différentes étapes de la construction de son projet et le sera également pendant la réalisation du projet. Ce dernier est évalué par des experts externes et par le Comité de Pilotage avant d’être présenté au Conseil d’Administration (CA).
 

Consortium « mutations rares » baptisé « CFTR » (« ClassFirstTheraRead») (F. Lejeune)

Le projet élaboré par le consortium piloté par Fabrice Lejeune porte sur les « Nouvelles pistes de recherche pour corriger les altérations moléculaires de patients présentant un profil génétique rare (incluant des mutations stop et/ou d’épissage), non éligibles aux modulateurs de CFTR » et est composé de 5 équipes aux expertises complémentaires, déjà fortement impliquées dans la recherche en mucoviscidose :

• Fabrice Lejeune : institut ONCOLille, laboratoire CANTHER, INSERM U1277, CNRS UMR9020 (Lille)
• Magali Cadars : laboratoire PhyMedExp, université de Montpellier, INSERM U1046, CNRS UMR9214 (Montpellier)
•  Alexandre Hinzpeter et Isabelle Sermet-Gaudelus : Institut Necker Enfants Malades, INSERM U1151 (Paris)
• Frédéric Becq : laboratoire PRéTI, université de Poitiers UR 24184 (Poitiers)
• Pascale Fanen : Institut Mondor de Recherche Biomédicale, GEIC2O, INSERM U955, Faculté de Santé (Créteil).

Focus sur les mutations non-sens et les mutations d’épissage

Le projet du consortium vise à évaluer différentes approches thérapeutiques adaptées aux mutations non-sens et les mutations d’épissage ne pouvant bénéficier des traitements actuels.

• La 1^ère stratégie, spécifique aux mutations non-sens, consiste à identifier et tester des molécules, dites inductrices de translecture, qui permettent de forcer le passage du codon stop prématuré et ainsi la synthèse d'une protéine complète, au moins partiellement fonctionnelle.
• La 2^ème approche consiste à utiliser des courtes séquences d’ADN, appelés oligonucléotides anti-sens, se liant de façon spécifique à l’ARN codant CFTR (copie de l’information génétique utilisée pour la fabrication de la protéine) afin d’en modifier sa lecture et ainsi corriger l’anomalie. Cette stratégie est adaptée aux mutations d’épissage, mais peut aussi être appliquée à certaines mutations non-sens.
• La dernière approche, adaptée aux 2 catégories de mutations, est l’édition du génome. Elle consiste à utiliser des outils ayant une action très précise et fine pour corriger les anomalies génétiques au niveau du gène CFTR.

Ce projet devrait permettre de déterminer les approches thérapeutiques les plus efficaces pouvant conduire à plus long terme au développement d’un ou plusieurs nouveaux traitements pour enrichir l’arsenal thérapeutique pour lutter contre la mucoviscidose.

Un projet innovant et ambitieux

Le consortium a parfaitement répondu à la demande de l’association. Les compétences pointues et complémentaires de chaque équipe, ainsi que la synergie entre elles permettront de mener à bien cet ambitieux projet.
Au regard de l’intérêt majeur de ce projet, le Conseil d’administration a décidé le 4 février 2023 de soutenir pour la première année les 5 équipes de recherche à hauteur de 476 000 euros et s’est engagé à un financement d’une durée totale de 3 ans.

Compte tenu des objectifs du projet, Vaincre la Mucoviscidose a proposé à la famille de Blanche, une petite fille porteuse d’un profil génétique ultra rare, ne répondant pas aux modulateurs de CFTR, de contribuer au soutien financier du consortium « CFTR » en complément de leur engagement en soutien de certains projets de l’Appel à projets scientifiques. Notre partenaire a répondu favorablement et désormais « Blanche pour VLM » apporte une contribution financière au projet « CFTR ».

Bilan de la 1^ère année et objectifs de la 2^ème année

Concernant la 1^ère stratégie, le test de 150 000 molécules a permis d’identifier une quinzaine de composés capables de corriger les mutations non-sens. L’efficacité de ces molécules doit maintenant être validée et étudiée plus en détail.

Concernant la 2^ème stratégie, différentes modifications chimiques des oligonucléotides anti-sens ont été testées. Les modifications, ayant pour but de rendre les oligonucléotides plus stables et efficaces,  les plus optimales ont été sélectionnées. Ces oligonucléotides vont maintenant être testés sur différents modèles in vitro.

Afin de pouvoir tester les molécules correctrices de mutations non-sens ou d’épissage, le consortium a établi de nouveaux modèles cellulaires. En particulier, un tissu pulmonaire complexe a été reproduit en laboratoire. Il s’agit maintenant d’introduire les différentes mutations d’intérêt. Le consortium a également mis en place des tests fonctionnels adaptés à ces nouveaux modèles afin de pouvoir évaluer l’efficacité des molécules identifiées sur la restauration de la fonction du canal CFTR.

La première année a donc servi à mettre en place tous les outils nécessaires à l’évaluation de nouvelles molécules identifiées. La deuxième année va permettre de tester ces dernières dans les modèles développés mais aussi l’avancement de la 3^ème approche, l’édition du génome.

Le Comité de suivi a étudié le rapport d’avancement et la demande de financement pour la 2^ème année fournis par le consortium. Il a estimé que les travaux des 5 équipes avançaient bien, que les premiers résultats étaient très encourageants et que les objectifs pour les mois à venir étaient conformes à ce qui avait été prévu. Au vu de ces éléments, le CA a décidé le 23 mars 2024 de soutenir pour la 2^ème année les 5 équipes de recherche à hauteur de 512 425 euros.
 

Consortium « transplantation pulmonaire » baptisé « PLUTO » (« Prediction of LUng Transplant Outcome ») (A. Roux)

Le projet élaboré par le consortium piloté par Antoine Roux porte sur la prédiction de l’issue de la transplantation pulmonaire. Le consortium est composé de 11 centres français de transplantation pulmonaire et de 2 équipes de recherche :

• Antoine Roux, Fondation Foch (Suresnes)
• Vincent Bunel, Hôpital Bichat (Paris)
• Jérôme Le Pavec, Centre Marie Lannelongue, (Le Plessis Robinson)
• Olivier Thaunat, CHU de Lyon 
• Nicolas Carlier, CHU de Cochin (Paris)
• Loic Falque, CHU de Grenoble 
• Benjamin Coiffard, CHU de Marseille 
• Adrien Tissot, CHU de Nantes 
• Benjamin Renaud Picard, CHU de Strasbourg
• Thomas Villeneuve, CHU Toulouse 
• Karine Moreau, CHU de Bordeaux
• Pascal Barbry, CNRS UMR727, Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (Valbonne Sophia-Antipolis)
• Laurence Delhaes, Inserm U1045, Equipe « Remodelage Bronchique – Axe microbiote-mycobiote» (Pessac)

La transplantation pulmonaire 

La greffe pulmonaire représente encore une option thérapeutique pour beaucoup de patients atteints de mucoviscidose. Cinq ans après la transplantation, un rejet de greffe survient dans près d’un cas sur deux. Il peut conduire à la perte du greffon, nécessitant alors une seconde greffe, voire au décès. 
Le projet du consortium vise à construire un registre national de transplantation pulmonaire harmonisé et à la pointe de la technologie. Il sera composé d’une base de données cliniques et d’une collection d’échantillons biologiques (prélèvements sanguins, biopsies transbronchiques et lavage broncho-alvéolaire). Il s’appuiera en partie sur l’héritage de la cohorte COLT (COhort in Lung Transplantation) initiée en 2009 et financée par Vaincre la Mucoviscidose et l’Association Grégory Lemarchal.

Son objectif principal est d'identifier des facteurs de risque et des biomarqueurs associés à la survenue d’une dysfonction chronique après une transplantation pulmonaire et ce de façon personnalisée. Pour ce faire les équipes du  consortium travailleront à améliorer :

• le diagnostic de précision des dysfonctions du greffon,
• et la prédiction du devenir de la greffe.

Ce projet devrait permettre de prévenir et traiter le rejet du greffon pulmonaire mais aussi à optimiser la prise en charge des patients transplantés. 

Un projet ambitieux et de la plus haute importance

Le consortium a répondu de façon pertinente à la demande de l’association. Les compétences complémentaires des différentes équipes et leur habitude de travail en collaboration, du fait de l’expérience de COLT, constituent des points forts afin de mener à bien ce projet. Ce registre représente le moyen le plus important pour améliorer les résultats de la transplantation pulmonaire.
Au regard de l’intérêt majeur de ce projet, le Conseil d’administration a décidé le 14 octobre 2023 de soutenir pour la première année le consortium à hauteur de 596 244 euros et s’est engagé à un financement d’une durée totale de 3 ans. 

Prochaines étapes

Le travail d’accompagnement des consortia par leur Comité de suivi respectif va se poursuivre. Un suivi régulier de l’avancement des projets sera réalisé pendant toute leur durée. Chaque consortium fera une demande de renouvellement pour les financements de la 2ème et la 3ème année.